Пищеварительный тракт включает ротовую полость, глотку, пищевод, желудок, кишечник, заканчивающийся анусом.

       Ротовая полость у рыб снабжена зубами. У нехищных рыб на челюстях зубов нет, хотя наличествуют широкие, немалые глоточные зубы на 5 жаберной дуге, коие сообща с «жерновком», расположенным на нижней стороне черепной коробки, работают для перетирания еды. Глоточные Зубы более развиты у карповых рыб. Желудок имеют не все виды рыб, к примеру у лососевых и окуневых, ниже границы желудка наличествуют мешковидные отростки — пилорические придатки. У карпообразных желудок отсутствует, в следствии этого нет и пепсиновых желез; у иных рыб желудок имеет сифонообразную форму, передняя часть коей прямая, а задняя изогнута вниз и вперед.

       Пищеварительный сок кислый, у карповых рыб — немного щелочной. Строение и длина пищеварительного тракта различны у различных рыб: у толстолобика, питающегося растительной едой, длина кишечника более длины тела в 15 раз, у всеядных рыб (карп, карась) — в 2—3 раза; у хищных рыб (щука, окунь, судак) длина кишечника составляет 0,6—1,2 длины тела.

       Длина кишечника находится в зависимости от нрава питания, от отличительных черт употребляемой еды; у лососевых кишечник короткий и прямой, у карповых — длинный и изогнутый. К органам пищеварения относятся печень и поджелудочная железа. Здоровая печень имеет коричневато-красный цвет. У карповых она многодольчатая лежит в петлях кишечника, вырабатывает желчь, собирающуюся в желчном пузыре; при несоблюдении обмена препаратов желчный пузырь существенно повышается. Пищеварение имеет возможность находиться в зависимости от температуры воды; более подходящая температура 23—25 °С — для карпа, 12 —14 °С — для форели.